行政办公室是交通科研院的综合办事机构，起着承上启下、联系左右、协调各方面的重要枢纽作用，由院领导直接领导，紧紧围绕院党委中心工作，努力为院领导和各部门做好服务，为全院职工做好服务。主要职责包括：
     1. 负责全院行政文件的收发、传阅、催办和落实，起草领导讲话、工作总结；
     2. 负责全院的综合治理、安全保卫、车辆管理、后勤保障及总务管理；
     3. 负责全院安全生产的宣传、部署以及落实工作；
     4. 全院负责全院干部职工的年终考核；信息的收集、整理、上报、反馈；
     5. 负责交通厅及科委交办的各项协调、督办的工作；
     6. 负责交科院史志的编写工作；
     7. 负责接待全国各省市科研部门、专家来疆调研及举办各类会议；
     8. 负责信访和家委会工作。