交通科研院开展交通事故鉴定工作始于1985年。20年来，新疆交通科研院受全疆各级交警部门的委托，已完成各类交通事故技术鉴定项目数千项，涉及肇事车车速、碰点、行驶轨迹、车辆损失程度、车辆基本性能、车辆各大系统技术状况检测、道路技术参数检测等等。科学、公正的技术鉴定为交警部门执法提供了可靠的依据，其中震惊全国的、一次性死亡38人的“7.2”特大交通事故技术鉴定、死伤数百人的“9.8”军车爆炸事故中受损车辆技术鉴定以及孔繁森交通事故技术鉴定等一批影响重大的交通事故，均由交通科研院承担鉴定。
    随着我国法制建设的不断完善，要求面向社会服务的司法鉴定人（机构）必须取得合法资质，方能开展司法鉴定工作。2002年8月自治区司法厅征得国家司法部同意后，依据《中华人民共和国司法部令》（第62号、第63号），经过严格的审查程序，批准在新疆交通科学研究院注册成立新疆交通事故司法鉴定所，依法开展全疆交通事故司法鉴定工作，从此使交通事故技术鉴定工作规范化、法制化，我所司法鉴定人员均持有国家司法部统一核发的“司法鉴定人执业证”
（注：新疆交通事故司法鉴定所是目前新疆地区唯一批准注册的交通事故司法鉴定机构）。

2001年6月，乌鲁木齐市交警支队与新疆交通科研院签订了合作协议，凡发生在乌鲁木齐境内的重大及疑难交通事故均委托新疆交通科研院进行技术鉴定，与此同时自治区发展计划委员会向社会公布了交通事故鉴定技术鉴定收费标准，各项技术鉴定工作进展十分顺利，特别是我院成立“新疆交通事故司法鉴定所”后，交通事故技术鉴定工作进一步规范化、法制化。目前，经新疆交通事故司法鉴定所鉴定的交通事故每年数百起，其鉴定结论为各级交通管理部门弄清事故真相、划分事故责任提供了科学依据。